Tùy cách thức và loại thức ăn bạn dùng để nuôi ấu trùng, sẽ ảnh hưởng đến tính chất của dư chất (phân ấu trùng), từ đó quyết định cách thu hoạch. Nếu phân khô và nhỏ thì dùng rổ sàng. Nếu phân ướt thì cho vào rổ, nhúng xuống nước mà lắc đảo cho phân tan vào nước. Hoặc thu kiểu trùn quế, tức là trút ra ngoài nắng, ấu trùng sẽ chui dồn xuống dưới, đẩy phân lên trên.