Theo Ths Nguyễn Thanh Hiếu – Viện cây ăn quả miền Nam thì, thanh long có rất nhiều bệnh như: thán thư, bệnh thối trái do vi khuẩn, vàng bẹ cánh cành, đốm nâu trên cành trên trái, ruồi đụt quả, nám cành…trong đó bệnh đốm nâu được xem là rất nguy hại trên diện rộng cả nước trong vài năm gần đây: Bình Thuận, Long An, Tiền Giang...
Để đảm bảo năng suất, chất lượng sạch, an toàn cho trái thanh long thì cần quản lý tốt mầm bệnh trên cây.
Các giai đoạn phát triển của dịch bênh trên cây thanh long
Bệnh đốm nâu: Do nấm có tên Neoscytalidium dimidiatum (Penz) Crous & Slipper gây ra. Bệnh thường xuất hiện mạnh vào mùa mưa và diễn ra trong suốt mùa mưa, đến mùa nắng thì bệnh giảm lại. Khi thời tiết có mưa dầm kéo dài, mưa ban đêm hay bão thì...